Isparta/Eğirdir ve Ankara/Etimesgut İlçelerinde refiklik stajını tamamladı. Daha sonra Kütahya İli Aslanapa İlçesinde sekiz ay vekaleten Kaymakamlık görevini yürüttü. Ayrıca Bakanlık Merkez Stajı kapsamında üç ay dil eğitimi aldı. Daha sonra Mülkiye Teftiş Kurulu'nda Teftiş Stajını tamamladı. Yunus Emre Şahin Sekiz ay süreyle gittiği İngiltere'de dil eğitimi aldı. Aynı zamanda İngiltere'deki idari sistemle ilgili çalışmalarda bulunmuştur.
Yurt dışı dönüşünde İçişleri Bakanlığı'nda düzenlenen Kaymakamlık Kursu'nu başarıyla tamamladı. Daha sonra Bakanlık Makamının 25.10.2019 tarihli onayı ile Karakeçili Kaymakamlığına görevlendirilmiştir. 05.05.2020 tarihli resmi gazetede yayımlanan 2020/180 sayılı Cumhurbaşkanlığı Atama Kararı ile Karakeçili Kaymakamlığına asalaten atanmıştır. Cumhurbaşkanlığının 13.07.2020 tarihli ve 2020/362 sayılı atama kararı ile Korgan Kaymakamlığına atanmıştır. Son olarak 19.08.2021 tarih 2021/412 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesiyle Alacakaya Kaymakamlığına atanan Şahin 07.09.2021 tarihinde görevine başlamıştır.