Ayrıca aynı yıl İş Bankası Teftiş Kurulu Başkanlığı'nda Stajyer Müfettiş Yardımcısı olarak göreve başlayan Yalçın Sezen; 1997 yılında Mevduat ve Bankacılık Hizmetleri Müdürlüğü Müdür Yardımcılığına; 2001 yılında Birim Müdürlüğüne, 2005 yılında Bireysel Bankacılık Pazarlama Bölümü Müdürlüğüne atanmıştır. Sezen aynı zamanda 13 Nisan 2011 tarihinde Genel Müdür Yardımcılığına atanmıştır.