Ömer Tuğrul Kundakçı 2014-2017 yıllarında Hatay Sosyal Güvelik İl Müdürlüğünde Sosyal Güvenlik Denetmen Yardımcısı olarak görev yaptı. 2017 yılında Hatay Kaymakam Adayı olarak Mülki İdare Amirliği mesleğine intisap etti. Hatay Valiliği stajını tamamladıktan sonra sırasıyla Eskişehir/Sivrihisar ve Kahramanmaraş/Elbistan ilçelerinde Kaymakam Refiki olarak görev yaptı. İçişleri Bakanlığı görevlendirmesiyle Nevşehir/Acıgöl ilçesinde Kaymakam Vekili olarak görev yaptı.
Ömer Tuğrul Kundakçı Mülkiye Teftiş Kurulu stajını Ankara ve İstanbul'da tamamladıktan sonra İngiltere'nin Liverpool kentinde University of Liverpool'da 8 ay süreyle dil eğitimi aldı. Yurt dışı görevi sırasında Büyükelçilik ve Konsolosluk stajlarını tamamladı. Ayrıca yurt dışı görevi sırasında Sosyal Hizmetler ve Yardımlar alanında çalışmalarda bulunmuştur. İngiliz İç İstihbarat Teşkilatı (MI5)'in Anti-Terörizm ve Karşı istihbarat alanındaki çalışmalarına katıldı.
Ömer Tuğrul Kundakçı Yurtdışı dönüşünde 6360 sayılı kanunla yürürlüğe giren ''Yeni Büyükşehir Belediye Modeli'' üzerine Kaymakamlık tezini vermiş olup 26 Ağustos-25 Ekim tarihlerindeki 105. Dönem Kaymakamlık Kursu'nu ''Başarı'' ile tamamlamıştır. 26 Ağustos-25 Ekim tarihlerindeki 105. Dönem Kaymakamlık Kursu'nu başarı ile tamamlamıştır.
28.10.2019-09.09.2021 tarihlerinde Saraykent Kaymakamı, 13.09.2021-25.08.2022 tarihlerinde Van Bahçesaray Kaymakamı olarak görev yapmıştır. Kaymakam Kundakçı Acıgöl Kaymakamı görevini yürütürken Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Gökkuşağı Projesi tarafından Yılın En Sevilen Kaymakamı seçilmiştir.
Kaymakam Ömer Tuğrul Kundakçı, Saraykent Kaymakamı olarak görev yaptığı süre zarfında Yozgat Valisi Kadir Çakır tarafından, Yozgat Valisi Ziya Polat tarafından (2 defa), Bahçesaray Kaymakamı iken Van Valisi Mehmet Emin Bilmez tarafından ''Başarı Belgesi'' ile taltif edilmiştir. 11.08.2022 tarih ve 31921 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2022/392 sayılı Cumhurbaşkanlığı Atama Kararı ile 29.08.2022 günü Baskil Kaymakamı olarak görevine başlamıştır. Evli ve bir çocuk babası olup, İngilizce bilmektedir.