- Maliye Bakanlığında müfettiş, teftiş kurulu başkan yardımcılığı,
- Gelirler Genel Müdürlüğünde daire başkanlığı ve bakan danışmanlığı görevlerinde bulunan Naci Ağbal,
- Ayrıca, 2006-2009 yılları arasında Bütçe ve Mali Kontrol Genel Müdürlüğü,
- Aynı zamanda 2009-2015 yılları arasında ise Maliye Bakanlığı Müsteşarlığı yaptı.
Naci Ağbal, TÜPRAŞ Yönetim Kurulu Üyeliği, PETKİM AŞ Yönetim Kurulu Üyeliği, Türk Hava Yolları (THY) AŞ Yönetim Kurulu Üyeliği, ayrıca Yüksek Öğretim Kurulu Üyeliği, Uluslararası Ahmed Yesevi Üniversitesi Mütevelli Heyet Üyeliği, aynı zamanda Vakıf Katılım Bankası A.Ş. Yönetim Kurulu Üyeliği ve son olarak Türk-Japon Bilim ve Teknoloji Üniversitesi Konseyi üyeliği görevlerinde bulundu.
7 Haziran 2015 Milletvekili Genel Seçiminde AK Parti Bayburt Milletvekili olarak TBMM'ye girmiştir. Başkan Ağbal, daha sonra 1 Kasım 2015 Milletvekili Genel Seçiminde de yine Bayburt'tan milletvekili seçilmiştir. Naci Ağbal, AK Parti MKYK üyeliği ile MYK üyesi olarak Ekonomi İşlerinden Sorumlu Genel Başkan Yardımcılığı görevlerinde bulunmuştur. 64. ve 65. Hükümetlerde Maliye Bakanlığı görevini üstlenmiştir. Ağbal, 25 Temmuz 2018 tarihinde Cumhurbaşkanlığı Strateji ve Bütçe Başkanı olarak atanmıştır.
Ağbal 7 Kasım 2020 Tarihli ve 31297 sayılı karar ile TCMB Başkanlığına atanmıştır. İyi düzeyde İngilizce bilen Ağbal, evli ve 2 çocuk babasıdır.