Aynı yıl Şırnak İli Silopi İlçesine vaiz olarak atanmıştır. 2008 yılında Diyarbakır/Eğil İlçe Müftülüğünde görev yaptı. 2011 yılında Diyarbakır İl Müftü Yardımcılığı görevinde bulunmuştur. 2014 yılında Diyarbakır Merkez Kayapınar İlçe Müftülüğü görevlerini yaptı.
Mehmet Sırrı Şık 12/04/2019 tarihli ve 30743 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren Cumhurbaşkanlığı Kararı ile Niğde İl Müftüsü olarak atanmıştır. 08/05/2020 2020 tarihli ve 2020/197 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan Cumhurbaşkanlığı Kararı ile Gümüşhane İl Müftülüğüne atanmıştır. 07/06/2022 tarihli ve 2022/287 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren Cumhurbaşkanlığı kararnamesi ile Van İl Müftüsü olarak atandı ve halen bu görevi yürütmektedir.
Mehmet Sırrı Şık Ensar Neşriyat Grubu Gülhane Yayınları arasında "Ey İman Edenler" isimli eseri yayınlandı. Özellikle genç öğrencilerin sorduğu sorulara yazılı cevaplar muhtevalı, Ravza Yayınları arasında basımı yapılan ve yayımlanan "Diyarbakır'lı Gençlerden Müftüyü Terleten Sorular" isimli kitabı bulunmaktadır. Ayrıca "Kur'an'ın Anlayış Sorgulaması" isimli kitabı dijital ortamda yayımlanmıştır.
Dicle Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Hadis Ana Bilim Dalında "2008-2011 yılları arasında Diyarbakır, Mardin ve Batman İllerinde okunan hutbelerde yer alan Hadislerin değerlendirilmesi" adlı çalışması ile Yüksek Lisansını tamamladı. 2020 yılında aynı üniversitede "Maliki Fıkıh Usulcülerine Göre Sünnetin Kaynağı Olarak Haber" çalışması ile de doktora eğitimini tamamladı.