Mehmet Emin Bilmez, 24.12.1990 tarihinde Elazığ kaymakam adaylığına atandı. 1 yılı İngiltere'de olmak üzere 3,5 yıl süren kaymakamlık stajından sonra, sırasıyla kaymakam olarak Rize-İkizdere, Elazığ-Ağın, Van-Muradiye ve Konya-Sarayönü ilçelerinde çalıştı.
2005 yılında Ankara ve Edirne'de 8 aylık kısa dönem askerlik yaptı. 01.09.2009 tarihinde İçişleri Bakanlığı Mahalli İdareler Genel Müdürlüğü bünyesinde daire başkanı olarak atandı. İnceleme ve Soruşturma Daire Başkanı olarak üç yıl çalıştıktan sonra 15.04.2011 tarihinde aynı kurumda Genel Müdür Yardımcılığına atandı.
10.09.2016 - 21.06.2017 tarihleri arasında Mahalli İdareler Genel Müdürü Vekilliği yaptı. 13.06.2017 - 26.12.2018 tarihleri arasında Ardahan Valiliği Yaptı.
26 Aralık 2018 Tarih ve 2018/260 Sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Van Valiliğine atandı. Son olarak Cumhurbaşkanlığı kararnamesiyle Vali-Başmüfettiş olarak Ankara'ya ataması yapıldı.