1992'de İçişleri Bakanlığınca açılan kaymakamlık sınavını birincilikle kazandı. 1993-1994 yıllarında, İngiltere'de dil ve mesleki konularda eğitim aldı. İlker Gündüzöz, Afyon kaymakam adayı olarak başladığı meslek hayatına,
- Aksu (Isparta),
- Kozluk (Batman),
- Şiran (Gümüşhane),
- Almus (Tokat),
- Çamardı (Niğde),
- Karasu (Sakarya) ilçelerinde kaymakam olarak devam etti.
İlker Gündüzöz, 2008-2013 yılları arasında İçişleri Bakanlığı Mahalli İdareler Genel Müdürlüğünde Daire Başkanı olarak görev yaptı. 2013 yılında İçişleri Bakanlığı Hukuk Müşaviri olarak atanmış; 29/12/2014'de I. Hukuk Müşaviri olarak görevlendirildi.
İlker Gündüzöz, 20/06/2017 tarihli ve 2017/261 sayılı Müşterek Kararnameyle İller İdaresi Genel Müdürlüğüne atandı. 27/10/2018 tarihli Resmi Gazete'de yayımlanan 26/10/2018 tarih ve 2018/202 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararıyla Muş Valisi olarak atanarak 06/11/2018 tarihinde görevine başladı.
- Anadolu Üniversitesinde Maliye Teorisi Ana Bilim Dalında master (Köylerin Mali Yapıları),
- TODAİE Kamu Yönetimi Ana Bilim Dalında master (Gençlik ve Siyaset),
- KTÜ İktisat Ana Bilim Dalında doktora (Belde Belediyelerinin Optimal Ölçek Sorunu) yaptı.
- Yerel Yönetimler, Kent ve Çevre Politikası Doçentidir. Yayımlanmış bilimsel makale, tebliğleri ve kitapları vardır.
Türk İdare Dergisi ile İdarecinin Sesi Dergisi yayın kurulu üyesidir. İş ve Çevre Sağlığı Derlemeleri Dergisi yayın kurulu üyesi, aynı zamanda derginin Çevre ve Çevre Politikaları Editörüdür. Türk İdare Derneği ile Türk İdareciler Vakfı üyesidir.