Bir süre Maliye Bakanlığı İstanbul Defterdarlığı'nda Milli Emlak Uzman Yardımcılığı yaptı. Kaymakam İlker Eker daha sonra Milli Emlak Denetmen Yardımcılığı görevlerinde bulunmuştur. 2012 yılında İçişleri Bakanlığınca açılan Kaymakam Adaylığı sınavını kazandı. Ayrıca Edirne Kaymakam Adayı olarak Mülki İdare Amirliği mesleğine intisap etti. Adaylık süresince sırasıyla;
- Edirne ilinde merkez stajını,
- Ayrıca Çanakkale-Gelibolu,
- Son olarak Sakarya- Kocaeli ilçelerinde Kaymakam refikliği stajını tamamlamıştır.
Kaymakam İlker Eker ayrıca Balıkesir-Bigadiç, Sındırgı ve Dursunbey ilçelerinde teftiş stajını tamamladı. Daha sonra yurt dışı stajı çerçevesinde 1 yıl süreyle gönderildiği İngiltere'de " University of Liverpool" da yabancı dil eğitimi aldı.
Dil eğitiminin yanı sıra İngiltere'nin yönetim yapısı üzerine çeşitli kamu kurumlarında incelemelerde bulunmuştur. Ayrıca Denizli Baklan ve Denizli Çardak ilçelerinde Kaymakam Vekili olarak görev yaptı. Kaymakamlık Kursunu başarıyla tamamladı. Kaymakam Eker 15.12.2016-27.08.2019 tarihleri arasında Tefenni İlçesinde görev yapmıştır. Son olarak 27.07.2019 tarih ve 30844 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 07.08.2019 tarih ve 2019/268 sayılı Cumhurbaşkanlığı Atama Kararı ile 29.08.2019'da Olur ilçesinde ki görevine başlamıştır.