Çeşitli sağlık kurumlarında hekimlik ve medikal direktörlük görevlerinde bulunmuştur. Kurduğu ve başkanlığını yürüttüğü sağlık kurumlarında Türkiye'nin sağlıkta dönüşüm politikaları doğrultusunda önemli atılımlar gerçekleştirdi. Fahrettin Koca, Başkanı olduğu Türkiye Eğitim Sağlık ve Araştırma (TESA) Vakfı tarafından 2009 yılında kurulan İstanbul Medipol Üniversitesi'nin Mütevelli Heyeti Başkanlığını yürüttü.
Evli ve dört çocuk babası olan Fahrettin Koca, Türk Pediatri Kurumu, Pediatrik Metabolizma ve Beslenme Derneği, İstanbul Ticaret Odası (İTO) üyelikleri bulunmaktadır. Ayrıca Sağlık Meslek Komitesi, Özel Hastaneler Sağlık Kuruluşları Derneği (OHSAD) üyelikleri bulunmaktadır. Aynı zamanda Dış Ekonomik İlişkiler Konseyi (DEİK) Eğitim Komitesi İş Konseyi Başkan Yardımcısı görevini yürütmüştür. Ayrıca Vakıf Üniversite Hastaneleri Derneği'nin Başkanı olmuştur. Ayrıca Hizmet İhracatçıları Birliği Sağlık Hizmetleri Komitesi Başkanıdır.