2007 yılında Kordsa'ya Global Teknoloji Direktörü olarak dönmüştür. Aynı zamanda Arge ve İnovasyon yapılanmasını tamamlamıştır. Operasyon Genel Müdür Yardımcılığı (COO) görevinin ardından, 2013-2017 yılları arasında CEO olarak Kordsa'nın transformasyon ve halka arzına liderlik etmiştir. 2017 yılından itibaren Sabancı Holding Sanayi Grup Başkanlığı görevini üstlenmiştir. Alper, 2019 Ağustos itibarıyla Sabancı Holding CEO'su ve Yönetim Kurulu Üyesi olarak atanmıştır. TÜSİAD, Dünya Sürdürülebilir Kalkınma Konseyi (WBSCD), Uluslararası Kurumsal Yönetim Ağı (ICGN) Üyesi'dir.