56 yaşında olan Bilal Ekşi 2003 - 2005 yılları arasında Türk Hava Yolları A.O.'da uçak motoru, iniş takımları ve tüm komponentlerin bakımından sorumlu Revizyon Atölyeleri Başkanlığı görevini yürütmüştür. Ayrıca 2005 yılında Türk Hava Yolları A.O.'da Yer İşletmeden Sorumlu Genel Müdür Yardımcılığı'na atanmıştır. Bu süre zarfında, özellikle zamanında kalkış performansının iyileştirilmesine yönelik önemli çalışmalarda bulunmuştur.
Bilal Ekşi 2008 - 2009 yıllarında Türk Hava Yolları Teknik A.Ş.'de üretimden sorumlu Genel Müdür Yardımcılığı görevini yürütmüştür. Anı zamanda 2010 yılında Kıbrıs Türk Hava Yolları'nın (KTHY); yeniden yapılandırılması projesi kapsamında KTHY Genel Müdürlüğü, CEO ; 2010 - 2011 yılları arasında ise Türk Hava Yolları Teknik A.Ş. ve Amerikan motor üretim devi Pratt & Whitney'in ortak kuruluşu olan "Turkish Engine Center"da (TEC) Genel Müdür Yardımcılığı görevlerinde bulunmuştur. Bilal Ekşi ayrıca 2011 yılının Nisan ayında Sivil Havacılık Genel Müdürlüğü, CEO görevine atanmıştır.
Sivil Havacılık Genel Müdürlüğü, CEO görevini yürüttüğü dönemde; Türkiye, 66 yıl aradan sonra ICAO Konsey üyeliğine tekrar seçilmiştir. Aynı zamanda ICAO'nun karar alma merciindeki 36 üyesinden biri olmuştur.