1990 yılında dünyanın birçok ülkesindeki üstün başarı gösteren öğrencilere verilen Fulbright bursunu kazandı. Bu bursu kazanan Ali Babacan, Amerika Birleşik Devletleri'ne gitti. 1990-1992 yılları arasında Northwestern University Kellogg School'da işletme dalında yüksek lisans (MBA) yaptı.
Ali Babacan Yüksek lisans çalışmalarında pazarlama, organizasyon davranışı ve uluslararası iş idaresi dallarında uzmanlaştı. Böylelikle 1992-1994 yılları arasında finans sektörünün üst düzey yöneticilerine danışmanlık yaptı. Ayrıca özel bir şirkette danışman olarak çalıştı.
1994 yılında Ankara'ya döndükten sonra aile şirketinin başına geçen Babacan 2001 yılında AK Parti'nin kurucu üyesi oldu. Merkez Karar ve Yönetim Kurulu üyeliğine seçilmiştir. Ankara'da uzun yıllar ticaretle uğraşan Babacan ailesinin bir ferdi ilk defa siyasete girmiş oldu.
Ali Babacan, 58. ve 59. Hükümetlerde Ekonomiden Sorumlu Devlet Bakanlığı görevinde bulunmuştur. Türkiye tarihinin en yıkıcı ekonomik krizlerinden olan 2001 krizinin ardından, ekonomiden sorumlu devlet bakanı koltuğuna oturduğunda 35 yaşındaydı.
Ali Babacan 58. Hükümet'te Dışişleri Bakanı olarak görev yaptı
2008'de dünyayı etkileyen ekonomik kriz sonrası 2009 yılında Ekonomiden Sorumlu Başbakan Yardımcısı oldu. 28 Ağustos 2015'e kadar Başbakan Yardımcılığı görevine devam eden Babacan, aynı zamanda 22.,23.,24. ve 26. Dönemlerde TBMM'de Ankara milletvekilliği görevinde bulundu. 13 yıl boyunca kesintisiz bakanlık yaptı. Ali Babacan ayrıca son dönemlerin en uzun süre bakanlık yapmış ismi oldu.
8 Temmuz 2019 tarihinde kurucu üye olduğu AK Parti'den istifa etti. Babacan, istifasının ardından kamuoyuna yaptığı açıklamada, Türkiye'nin geleceği için yeni bir siyasi parti oluşturmak üzere çalışmalara başladıklarını duyurdu. 1995 yılında Zeynep Babacan ile evlendi. Kerem, Dilara ve Emir adlarında üç çocuk babasıdır.