AFAD'ın eski adı TAY iken, 29 Mayıs 2009 tarih ve 5902 sayılı Kanun'un 17 Haziran 2009'da Resmî Gazete'de yayımlanmasıyla, İçişleri Bakanlığı Sivil Savunma Genel Müdürlüğü (SSGM) ve Bayındırlık ve İskan Bakanlığı Afet İşleri Genel Müdürlüğü, Başbakanlık Afet ve Acil Durum Yönetimi Genel Müdürlüğü yerine kurulmuştur.
AFAD, her ilde valiye bağlı İl Afet ve Acil Durum Müdürlükleri bulunmakla beraber 11 ilde bulunan Arama ve Kurtarma Birlik Müdürlükleri, bu kuruma bağlı olarak çalışmalarını sürdürmektedirler. Kurumun afet ve acil durum yönetimi çalışmalarını daha etkin bir şekilde yürütebilmek amacıyla, Afet ve Acil Durum Yüksek Kurulu, Afet ve Acil Durum Koordinasyon Kurulu ve Deprem Danışma Kurulu gibi kurullar oluşturulmuştur.
AFAD, afet durumlarında gönüllü ve personel kapasitesi ile Arama Kurtarma ve diğer çalışmalara katkı sağlayabilecek organizasyonların standartlara uyum, denetim ve belgelendirmesini amaçlayan bir akreditasyon sistemi de oluşturmuştur. Ayrıca Afet ve Acil Durum Eğitim Merkezi (AFADEM) aracılığıyla sivil savunma ile ilgili eğitim ve öğretimler de verilmektedir.